* 双边政治互信受损
原本中菲双方曾达成“南海问题不是中菲关系的全部”的重要共识，但近年来菲律宾在黄岩岛等地的挑衅性行动不断吞噬着两国的互信与合作基础。海上分歧的激化导致双边磋商机制的功能退化，中方甚至采取了如暂不派遣新大使等观察性调整措施，向外界传递出“对话大门敞开，但需看到诚意”的信号。

*南海局势的紧张直接波及了中菲之间的经贸往来。菲律宾试图以贷款和融资分歧为由，中止或搁置多个由中方参与的基础设施项目。中国是菲律宾重要的贸易伙伴，若中菲关系持续恶化，切断经贸渠道将导致高度依赖中国市场的菲律宾农产品（如香蕉等）出口受挫，使菲律宾经济首当其冲承受巨大损失。

*触碰安全红线与地区不稳定因素增加
菲律宾通过立法（如《海洋区域法案》）将黄岩岛非法纳入其海洋区域，并频繁组织公务船及渔船侵闯，试图固化实际控制。这种试图改变现状的单边行动触碰了《南海各方行为宣言》的红线，使得相关岛礁成为影响南海形势发展最大的不稳定因素。

* 域外势力介入压缩转圜空间
菲律宾在南海的行动得到了美国的外交、情报和军事威慑支持。美菲政策的调整及海上行动的相互刺激，使得中美在南海的竞争转圜空间变小。菲律宾企图借外部势力“绑架”美国，而美国则借此强化在第一岛链的战略部署，这不仅加剧了地区的紧张局势，也让中菲双边关系被裹挟进大国博弈之中。

尽管南海争端带来了多维度的负面影响，但中菲双方近期也展现出管控危机的意愿。2026年3月，中菲一天内连续举行了南海问题双边磋商机制会议与新一轮外交磋商，双方同意加强涉海沟通对话，妥善管控海上局势，稳步深化各领域务实合作。这表明，虽然争端构成了严峻挑战，但通过双边渠道管控分歧仍是符合两国长远利益的理性选择。