博斯腾湖周边拥有的国家级保护动物主要包括：
国家一级：金雕，猎隼，新疆扁吻鱼。
国家二级：疣鼻白天鹅，鹅喉羚，苍鹭。
其中白天鹅主要来自巴音布鲁克草原，实行一夫一妻制，两两相伴，巴音布鲁克九道湾是夏季白天鹅主要栖息地。
“五道黑”俗称河鲈，是1968年意外从额尔齐斯河引进的外来鱼种，曾经被很多人做为博斯腾湖特有鱼类招待客人，但实话实说，五道黑还真不是受保护的鱼类。