电影《纸盒藏迷》故事源于香港“十大奇案”之一“纸盒藏尸案”。1974年，香港跑马地，女学生被藏尸纸箱，案件轰动全港。警员陈奖（谭耀文饰演）在雪糕店阁楼发现可疑，拘捕店员司徒伟平（张颂文饰演），此案成为香港首宗仅靠科学鉴证定罪的案件。其后十数年，司徒伟平在狱中坚称自己无罪，警员陈奖发现案中另存疑点私下查证，到底，谁才是真凶？