塔斯娱乐资讯网

2 亿年堆出一座基因屎山,甲藻,海洋里不走寻常路的单细胞

1884年,一位生物学家在显微镜前愣住了。

他在海水样品里看到一个单细胞,而这个单细胞的前端,明明白白地长着一只眼睛,有角膜、有晶状体、有视网膜,结构跟动物的照相机眼几乎一模一样。

他的第一反应不是兴奋,而是:这不可能。

他给出的解释是:这细胞估计是刚吃掉了一只水母之类的小动物,那只眼睛是猎物的残骸,还没来得及消化。

说白了,他不敢相信一个细胞能自己"造"出眼睛。

这个判断后来被证明是错的。那只眼睛确实是它自己长的。

而它的主人,是整个真核生物世界里最离谱的一群生物,甲藻。

先说说这只眼睛。

拥有它的是甲藻里的单眼藻科,代表成员叫单眼藻属和红沟藻属。

后来到了2015年,科学家用电子显微镜加上单细胞测序,总算把这只眼睛拆明白了。

不拆不要紧,一拆更离谱:它根本不是从零造出来的新器官,而是把细胞里现成的细胞器拆了重新拼的。

最外面的"角膜",是一层线粒体,就是细胞里负责能量代谢的那种细胞器,被码得整整齐齐,平铺成一个弧形罩子。

中间的"晶状体"是个透明球体,能折射光线,外面还套着一圈能收缩的环,功能类似虹膜。

最里面的"视网膜"更离谱,是一个改了行的质体,也就是叶绿体的亲戚。它跟细胞里其他质体连成一张网,细胞分裂的时候,它还跟叶绿体一样先复制再分开。

那感光用的"底片"是什么?一种叫视紫红质的蛋白。

这里有个冷知识。

视紫红质其实分两套:动物眼睛里的那套叫II型;而单眼藻用的是I型,跟古菌、细菌拿来当光驱动质子泵的蛋白是亲戚。

等于说,它的感光元件也是从微生物那儿"借"来的。

线粒体当角膜,叶绿体当视网膜,细菌的蛋白当底片,硬是在一个细胞里拼出了一台照相机。

它还能"转眼珠"。

晶状体连着一些纤维,收缩时能让整个结构偏转方向,改变注视的方位,这本来是高等动物的眼睛才有的待遇。

因为这些单细胞至今没法在实验室培养,捞到一个全靠运气,有些物种一年在海水样品里只能找到两个细胞,所以这只眼到底能不能真正"成像",现在还是一笔糊涂账。

但有一点没争议:它是已知最复杂的亚细胞结构,没有之一。

一个细胞,为什么要这么拼?

因为它要捕猎。

多沟藻捕食另一种甲藻

它不吃素,它的猎物是其他甲藻,同样是浑身黑科技的单细胞。

在那个尺度的世界里,没有眼睛,你连猎物在哪都不知道。

那问题来了,甲藻到底是什么来头?

甲藻也叫涡鞭毛藻,大多数是海里的浮游单细胞,靠两根鞭毛一边转一边游,"涡鞭"这个名字就这么来的。

很多甲藻身上还披着一层纤维素小板拼成的"盔甲",叫甲片,"甲藻"这个名字就是这么来的。

腰上那道横沟里缠着一根鞭毛,像腰带一样,负责提供转动的扭力;纵沟里还有一根拖在身后,负责推进。

所以你在显微镜下看到的甲藻,永远是打着旋儿往前冲的。

分子生物学给它们排了家谱:它们属于SAR超类群里的囊泡虫家族,最近的亲戚是顶复类,这名字你可能没听过,但你一定听过疟原虫,就是那个让几亿人打摆子的寄生虫;再远一点的亲戚是纤毛虫,代表生物是草履虫。

上图:甲藻在SAR类群中的演化位置;在较早的分类系统中,甲藻和顶复类都是独立的门,但不管怎样,二者之间的系统发育关系是确定的

也就是说,甲藻不是什么活化石,它是一个相当能折腾的演化支。

但这个结论来得很晚。

在很长一段时间里,生物学家真心觉得甲藻是真核生物里最原始的类群。

1965年,学者道奇提出了"介核生物"这个说法,说甲藻的细胞核介于原核和真核之间,是没进化完全的中间产物。

这个假说当年是正儿八经写进教科书的。

这个说法统治了几十年,直到基因测序普及,大家拿分子数据一算演化树,才发现完全搞反了:甲藻的怪核不是"没进化到位",而是从一个正常的真核细胞核出发,主动改造、一路跑偏的产物。它不是站在演化起点的半成品,它是个把自己改造得面目全非的疯子。

介核假说

那它的核到底怪在哪,能让一整代科学家集体看走眼?

因为甲藻的细胞核,实在太不像一个真核细胞该有的样子了。

先说它有多离谱。

正在看这篇文章的你,单倍体基因组大约是30亿个碱基对,也就是3Gb。

动物界著名的"大基因组选手",石花肺鱼,基因组约130Gb;一种叫纽斯河泥螈的蝾螈,大约137Gb;植物界的纪录保持者截叶梅溪蕨,约160Gb。

而甲藻里的海洋原甲藻,一个体长只有50微米、肉眼几乎看不见的单细胞,保守估计的基因组都有220Gb,大的测量值能到250Gb上下,比你的基因组大七十多倍。

可能有人要举手:我听说变形虫的基因组更大,有670Gb!

这个数确实被测出来过,测的是一种叫多卓变形虫的物种,用的是几十年前的老办法。

但21世纪以后,越来越多同行觉得这数字不靠谱:老方法容易把杂质算进去,变形虫的细胞结构又特别容易制造误差,再去测它的近亲,基因组缩水得厉害。

所以现在严肃的榜单上,单细胞冠军暂时还是甲藻。

几种生物的单倍体基因组大小对比

DNA是实打实的物质,有重量、占体积。一个肉眼都快看不见的细胞,塞下比人类多七十倍的DNA,它是怎么做到的?

正常的真核细胞怎么打包DNA?靠组蛋白。

DNA双链缠绕在组蛋白上,像线绕在线轴上,一个个"线轴"叠成螺线管,再叠成更粗的纤维,一路压缩进染色体。

组蛋白(中心部分)与缠绕在其上的DNA链

就这么层层叠下来,将近两米长的人类DNA,最终被塞进一个直径不到十微米的细胞核里,压缩倍数上万。

其他真核生物里,染色质的蛋白质和DNA的重量比大约是1:1。

这套"系统"从大约二十亿年前真核细胞诞生起就没怎么动过底层架构,从酵母到大树到你,用的都是它,堪称生命界最稳定的祖传代码。

甲藻呢?它把这套用了二十亿年的祖传方案,几乎给扔了。

它核里的组蛋白少得可怜,蛋白质和DNA的比例大约是1:10。

它的染色体在整个细胞周期里都高度浓缩,永远不散开,一般细胞的染色体只有分裂时才缩成看得见的棒状,平时是松散铺开的,甲藻不,它全天候保持"战斗状态"。

用偏光显微镜看,这些染色体有强烈的双折射现象,说明里面的DNA排列得高度有序,处在一种叫"胆甾相液晶"的状态。

什么意思?

液晶你可以理解成分子排列得很规则、又保持一定流动性的中间态。

甲藻的DNA靠自己密集堆积,再加上镁离子、钙离子这些二价阳离子帮忙,直接"堆"成了液晶,不太需要蛋白质在旁边使劲按着。

电子显微镜下,这些染色体呈一道道拱形的条纹,像棉花糖。

真正忙的基因,比如负责基础代谢的那些,会在染色体边缘局部解开,形成一个个环状的DNA丝,转录就在那里进行,完事再压回去。

这像什么?像一个仓库,绝大部分货物封箱码到顶,只在每天取货的位置临时开个口,取完立刻封上。

那这套奇葩方案,到底是怎么来的?

故事开始于两亿多年前的三叠纪。

当时二叠纪末大灭绝刚过去不久。

那是显生宙最惨的一次大灭绝,海洋里原来占优势的红藻、绿藻死伤惨重,生态位空出来一大片,各路新生藻类抢着上位,甲藻的祖先也在其中。

然后,它被病毒感染了。

感染它的是一种巨病毒,属于核质病毒门。

今天这个门里最出名的代表是米米病毒、潘多拉病毒,个头大到能被更小的病毒当成细菌来感染。

被病毒感染,常规操作。不常规的是,这次感染留下了点东西:病毒把一段编码核蛋白的基因,落在了甲藻祖先的细胞核里。

这类蛋白现在叫DVNP,甲藻病毒核蛋白。

DVNP-1蛋白的结构,由模型预测

病毒为什么会有这种蛋白?据推测是拿来"拆台"的:它能把宿主的DNA死死压住,让宿主的抗病毒基因没法转录,宿主只能乖乖被征用。

甲藻把这段基因留下来之后,事情变味了。它发现这玩意儿的压缩能力,比组蛋白猛多了。

组蛋白打包DNA像用收纳袋,DVNP打包像用真空压缩袋。

甲藻一拍脑袋:闲置基因反正也不怎么转录,压着就压着吧。

于是DVNP在它核里越来越多,组蛋白越来越边缘化。

今天在比较原始的甲藻类群里,DVNP就是最主要的核蛋白,一个物种里的变体能有几十种。

但光压上不行,压死了想用时打不开怎么办?

甲藻又从细菌那里白捡了一类蛋白,叫组蛋白样蛋白,前身是细菌的HU蛋白,一种在原核生物里负责整理拟核DNA的老古董。

这类蛋白在真核生物里早就丢了二十多亿年,结果甲藻从细菌那儿重新拿了回来,发现它正好能配合DVNP,把局部DNA解开、整理,一套现成的"解压算法"。

HLPs“解压”DNA链的场景

到这还没完。

DNA碱基有四种,A、T、G、C。

甲藻又干了一件更怪的事:它DNA里大量的T,也就是胸腺嘧啶,被一种叫5-羟甲基尿嘧啶的修饰碱基替换掉,比例最高能到70%。

这东西在其他生物的DNA里非常罕见,通常被当作DNA损伤的标志。

但近年的研究发现,甲藻专门有一套酶制造它,还拿它去标记、沉默基因组里的转座子,相当于给那些乱蹦的垃圾代码贴上封条。

再看螺旋方向。

教科书会告诉你,DNA是右手双螺旋,那叫B型,占绝大多数。

但DNA其实还有左手螺旋的形态,叫Z型。

在普通细胞里,Z型只是转录瞬间在特定序列上短暂出现的临时形态,转眼就变回去。

而在甲藻的染色体里,研究者用专门结合Z型DNA的抗体做电镜定位,发现Z型DNA成片出现在染色体边缘和分裂时的断裂区,恰好就是那些需要解开来转录的地方。

DNA的三种构型(从左到右:A型,B型,Z型)

所以,下次再有人跟你说"地球生物的DNA全是右旋,没有左旋",你可以让他来看甲藻。

当然,要较真的话,真正的"镜像生命"还要求蛋白质的手性也一起翻转,甲藻没走到那一步,它只是把DNA的一部分拧反了。

压缩技术解决了"放得下"的问题,接下来是"放什么"。

甲藻走上了一条让自己基因组越来越离谱的路:基因组复制了一轮又一轮,还疯狂进行水平基因转移。

正常的基因传递是父母传给孩子,叫垂直遗传;水平基因转移是直接从路人身上"抠代码"。

甲藻核里的基因来源之杂,动物、植物、真菌、古菌、细菌、病毒、其他藻类的都有,病毒的DVNP、细菌的HU、古菌的视紫红质,全是这么来的。

后来的基因组调查还发现,超过一半的甲藻基因,功能至今不明,属于基因里的"黑暗物质",序列测出来了,但不知道是干嘛的。

为什么要攒这么多?

因为在漫长的演化里,谁也不知道明天哪段代码会救命。

闲置基因用DVNP压着,成本不过是一点磷和一点空间;可一旦环境变了,翻出来可能就是一条新的生路。

别人的基因组是精心维护的操作系统,甲藻的基因组是一个塞满了历代补丁、第三方插件和来路不明安装包的硬盘。

说难听点叫屎山,可这座屎山里,真的什么都有。

顺便说一个反常识的事:基因组大,不等于基因多。

你以为220Gb里塞满了功能基因?并没有。

甲藻的基因组里绝大部分是重复序列,基因数量估算下来也就几万到八九万个,跟人类的三万多个没差出一个数量级,多出来的海量空间基本都是备份、拷贝和不知道哪年留下的垃圾片段。

生物学里有个老概念叫"C值悖论":生物的复杂程度,跟基因组大小根本不成正比。

人类的基因组中编码蛋白质的DNA是最多的

一棵路边的杂草,基因组可能比你大几十倍。甲藻这坨硬盘,容量256G,真正的系统文件可能就占一个G,剩下的全是截图、安装包和没解压过的压缩包。

水平基因转移当然也不是甲藻的专利。

以耐辐射、耐干旱著称的蛭形轮虫,基因组里就捡了上千个外来基因;水熊虫也被发现从细菌、植物、古菌那里拿了不少片段。

但论胃口,没人比得了甲藻,别人是顺手捡,它是先把自己的细胞核改造成一个超大仓库,再敞开了捡。

后来的核心类群还嫌不够,让核膜向内凹陷,在核里修出了一套复杂的"地道系统",叫核网。

多沟藻属的核内内膜系统(红色部分)的三维结构重建

以多沟藻为例,主体是六条平行的大通道,周围连满小腔室和小管道,只有在分裂期才完全展开。它具体怎么参与分裂,至今还没完全搞明白。

握着这么一座基因仓库,甲藻从三叠纪到侏罗纪一路开枝散叶,成了海洋光合浮游生物里仅次于硅藻的第二大势力。

然后,它们开始不务正业。

最温和的一种"不务正业",其实跟我们的关系最大。

珊瑚礁为什么五颜六色、生机勃勃?

靠的是珊瑚虫细胞里住着的虫黄藻,也是甲藻的一员。

虫黄藻搞光合作用,把产物分补贴给珊瑚,珊瑚给它提供庇护和氮磷,这是海洋里最著名的共生关系之一。

有意思的是,虫黄藻的基因组是甲藻里最小的那一档,只有1到几个Gb,算是家族里难得的"精简派"。

海水一升温,珊瑚把虫黄藻排出去,或者虫黄藻自己离开,珊瑚就会白化、饿死,露出白色的碳酸钙骨架。你看到的珊瑚白化新闻,幕后那个"打工人"就是甲藻。

再往后,是更放飞的分支。

比如夜光藻。

夜光藻;注意那个突出来的东西是触手,而不是鞭毛

它把叶绿体彻底退化,头顶伸出一条触手,注意,那不是鞭毛,改行捕食硅藻、鱼卵,细胞能长到直径两毫米,肉眼可见,是单细胞里的巨无霸。

它细胞里塞满了叫"闪光体"的小泡,里面有荧光素和荧光素酶。

海浪一打、船只一过,机械刺激让细胞膜上的质子通道打开,氢离子涌入闪光体,荧光素酶被瞬间激活,荧光素和氧气反应,放出蓝色的光。

发光又费能量,又转瞬即逝,为什么要点灯?

主流说法是"防盗报警":吓唬吃它的小型甲壳动物,或者干脆用亮光把更大的捕食者引来,让天敌也有天敌。

无数细胞一起亮,就是这几年刷屏的"蓝眼泪"。

蓝眼泪”现象;由于夜光藻体型很大,所以用肉眼就能分辨出明显的光点

=我国沿海的蓝眼泪,绝大多数是夜光藻的手笔,福建平潭更是高发地,当地甚至专门做了"蓝眼泪预报",靠气象和海洋数据预测哪天夜里能追到泪,"追泪"硬生生追成了一门生意。

顺便说一句,夜光藻还有红色和绿色两种,绿色的是体内养了共生绿藻的混合营养型。

再比如鳍藻。

它们的共同祖先丢掉了光合作用,体表伸出两块超大的甲片,像鱼鳍一样。

Ornithocercus splendidus,属于鳍藻目

这些"鳍"上布满沟沟壑壑,微环境适合细菌繁殖,研究者认为鳍藻是在里面"养细菌",饿了就抠一点出来吃,单细胞的游牧农场。

多沟藻属更狠。

它们的细胞分裂后不分开,一个摞一个,长成一串合胞体,靠叠罗汉凑出体型,然后冲进掠食者的赛道。

它们把原本防御用的刺丝泡,一种装着弯丝、遇刺激弹射的囊泡,加粗、拉长,改造成主动发射的鱼叉,用来扎住猎物。

这东西的演化来源至今有争议,甚至有人认为它本质上是一个被驯化的内共生体。

而单眼藻科,把"武装到牙齿"几个字写到了极致。

单眼藻属“加特林”的超微结构

单眼藻属把多个刺丝泡结构捆成一束,配上毒素,变成排射的"加特林"。一只细胞身上随身带好几把,眼睛锁定猎物后就齐射,量大管饱。

红沟藻;用红圈圈出了细胞前端的眼

红沟藻属走的是另一条路线。

它尾巴上挂着一根可伸缩的"活塞",完全伸长可达体长的二十多倍,伸缩一次最快只要三十毫秒,既能让自己以鬼畜的方式移动,又能在猎物反应范围之外高速戳刺,配合毒素一击毙命。

这根活塞的来历至今没有定论,有人说是鞭毛改的,但红沟藻自己的两根鞭毛明明还在,所以这个说法存疑。

还有干脆放弃浮游生活的。

蛎甲藻属某种

蛎甲藻属沉到海底,长成多细胞群落,乍一看像一小丛褐藻,养海缸的人很头疼它,因为它难除,还会分泌岩沙海葵毒素一类的剧毒,这东西在天然毒物的毒性榜单上名列前茅。

费氏藻属是半寄生的越级杀手。

噬鱼费氏藻

它会附着在鱼身上啃食皮肤组织,接着直接钻进鱼皮里繁殖,同时分泌毒素麻痹鱼的神经和免疫系统,经常把鱼整死。

噬鱼费氏藻复杂的生命周期

它的生命周期复杂到让研究人员头大:二十多种形态来回切换,休眠包囊就有好几种,甚至还有丢掉鞭毛、长出伪足的变形虫形态,比变形金刚还能变。

但在我看来,最离谱的是简虫属。

北海道简虫

它长得像一条微型蠕虫:有头部、有分节的身体、有尾部。

早期在显微镜下看到它的动物学家,直接把它归进了中生动物,一类寄生在动物体内的多细胞动物。

结果它还是一个细胞。

上图:北海道简虫,从头部射出的刺丝清晰可见;J表示已经发育完全的隔膜,D表示正在发育的隔膜;N表示细胞核

只不过这个细胞用隔膜隔成了好几个"隔间",每个隔间里有一个细胞核,叫"分隔合胞体"。

正在无性繁殖的北海道简虫;该个体刚刚把中部的一个半独立细胞挤了出去,形成新个体

这些隔间还真有分工:头部隔间装备一根能反复发射的中空刺丝,当进食器;中部一串隔间专司繁殖,把身体越撑越长,成熟了就把一个隔间挤出去,变成新个体;尾部隔间当孢子囊,负责放孢子。

它是纯粹的寄生虫,住在多毛类环节动物体内。

一个单细胞,硬是靠隔板把自己隔出了"细胞分化"的味道。

当然,屎山不是白养的。

DNA的骨架由磷酸基团撑着,基因组这么大,意味着甲藻对磷的需求高得反常;分裂一次要复制的DNA量也是天文数字,繁殖速度被严重拖累。

所以从中生代到现在,海洋浮游植物的头把交椅始终是硅藻的,甲藻再能折腾,也只是"千年老二"。

还有一件事让它们出名:毒。

大多数甲藻不产毒,但产毒的那批,毒到能上《禁止化学武器公约》的清单。

石房蛤毒素,也就是麻痹性贝毒的主要成分,由亚历山大藻等产生,能堵住神经细胞的钠通道,让人肌肉麻痹、呼吸衰竭;它还耐高温,普通蒸煮破坏不了,贝类滤食后在体内富集,人吃了就中毒。

雪卡毒素和刺尾鱼毒素由珊瑚礁上的冈比甲藻产生,沿食物链一路富集到石斑鱼、梭子鱼这些大鱼体内,人吃了会得雪卡鱼毒中毒,症状诡异,冷热感觉都会颠倒。

它们一旦暴发,就是赤潮。

蓝眼泪浪漫的另一面,往往就是海水富营养化的警报。

但要说明的是,产毒的、搞赤潮的,只是甲藻里的少数派。

更多的甲藻是海洋里老老实实的"农民",通过光合作用固定二氧化碳,是海洋食物链的地基之一,也是地球上重要的碳汇参与者。

要论对海洋生态的贡献,那群看起来人畜无害的小小光点,其实比带毒的亲戚重要得多。

还有一件事特别能说明甲藻有多折腾人:它的核太怪、太大,常规的测序和比对工具经常直接罢工,再加上早期按形态划分的类群很多根本不是一家,直到今天,甲藻内部的分类还是一笔糊涂账。

研究者想给它理家谱,结果发现自己面对的是一座两亿年没人维护的巨型屎山,连张完整的图纸都没有。

最后,回到开头那只眼睛。

它不是谁设计的,也不是什么高级蓝图的产物。

它是两亿年里,一个单细胞不断被病毒感染、不断从细菌那里捡代码、不断把自己的细胞核推倒又重建,最后从一堆祖传屎山里翻出零件,硬拼出来的。

角膜是线粒体,视网膜是改行的叶绿体,底片是细菌的视紫红质。

每个零件都有来历,没有一个是为了眼睛专门准备的。

甲藻这个家族,一开始被当成"最原始的中间态",后来才发现,它是真核生物里把细胞核重构得最彻底的疯子。

重构完之后呢?

它没有变成干净、优雅的新系统,只是带着一座更大的屎山,长出了眼睛、鱼叉、活塞和加特林,在海里捕鱼、发光、养珊瑚、下毒,甚至把自己隔成一条虫。

演化从来不追求优雅,它只奖励能活下来的。

哪怕活下来的方案,是一坨更大的、跑着两亿年历史遗留代码的屎山。

而这坨屎山里还藏着多少我们没见过的生命形态,谁也不知道。